Hola,
A mi me pasó cuando pasaba una peli de 23,96 fps a 25 fps: el frame que le faltaba se lo inventaba, 'congelando' la imagen una vez por segundo.
Ahora las dejo con el framerate de origen, y con la resolución NTSC, y no tengo problemas.
Pero en este caso, se te ve a tirones también en el PC (lo que queria decir sertinel, creo).
También, he visto casos que con el sonido a 48 Khz podia hacer cosas raras. En este caso, habría que pasarlo a 44 khz.
Otro caso que he visto se producia cuando se multiplexaba como VCD, pero se arreglaba cuando se multiplexaba como SVCD. Actualizando el firmware del DVD se podria solucionar también.
Y por último, los bitrates, tanto el minimo como el maximo, pueden afectar. Intenta reducir el max (ahora, con el script MA, tengo 2000) o subir el minimo (a 600 por ejemplo).
Bueno, con esto tienes para probar!
Salu2