Después de muchos quebraderos de cabeza con ese tipo de archivos, te cuento el proceso que ya siempre sigo por si consideras que puedes utilizarlo.
Partiendo de la base de que por supuesto necesitas los códec necesarios, en este caso tanto ogg vorbis para el audio, como xvid para el video, este tipo de archivos con el audio en este formato te los puedes encontrar ya directamente con la extensión avi, o con extensión ogm, siendo esta última la que te muestra el dichoso icono del pececito.
En este último supuesto, renombra el fichero, pongamos película.ogm, a película.avi. Después, buscate un programa que ya tiene bastante tiempo pero que aún conserva su utilidad, llamado avi2vcd.
Este programa tiene una utilidad denominada "decompress", que lo que hace es eso, una vez cargado el avi, crear otro fichero, película_pcm.avi, donde el audio ya está descomprimido a wav.
A partir de aqui, separo audio y video con virtualdubmod. El audio lo trato con bsweetgui y el video, por supuesto, y después de tres años de probar diversos programas, con tmpgenc.
Espero que te sirva de ayuda esta parrafada.
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