Estou com dúvida como inserir legendas com winsubmux, para inserir em um cd, tudo certo, o que não consigo é inserir as legendas em filme com dois cds.

eu inseri as legendas no cd1, só que ele ficou maior que a capacidade do cd, como eu faço pra que quando eu inserir as legendas, não fique maior que a capacidade do cd?

É melhor vc fazer o seguinte:
1) Multiplexa com o bbmpeg sem dividir em 2 CDs
2) Multiplexa as legendas.
3) divide em duas partes usando o DIkuncizer:
http://www.kvcd.net/forum/viewtopic.php?t=9512