AVIs provenientes de captura não tem indice (pq eles são gerados on-the-fly). Com isso, o AVI2WAV não consegue extrair o audio. Se vc remultiplexar o arquivo no VirtualDub antes de usar no DIKO, irá funcionar, mas aí vc irá precisar de espaço suficiente para gerar um outro arquivo do mesmo tamanho do capturado.
Eu pretendo implementar no futuro uma nova forma de extração de audio usando as rotinas do windows (como o Virtualdub faz), com isso será possível usar AVIs de captura, inclusive com trim, e AVIs com mais de um audio diretamente. Mas por outro lado, o AVI2WAV é muito bom com DivX pq as vezes o som está corrompido no meio, e ele consegue extrair tudo de arquivos que o VirtualDub só pega uma parte dom som. Assim, a idéia é que se possa escolher como a extração será feita. Na verdade o FreeEnc foi um bom passo neste sentido pois aprendi a abrir arquivos AVI pelo Windows, agora só falta aprender como gravar o som em WAV, que deve ser mais fácil.