recentemente estava lendo os doc dos filtros usados no script padrão do kvcd e em alguns deles estava escritos que eram otimizados para ISSE, como tenho um athlon thunderbird eu gostaria de saber se isso afeta o funcionamento destes filtros.

O Athlon Tunderbird não tem SSE, somente o AtlhonXP, logo não deve ficar mais rápido.

sim, isso eu já desconfiava.
Mas o que eu gostaria de saber é se a qualidade visual dos filtros, isto é, se os filtros continuam a fazer o que eles são programados a fazer ou se deixam de funcionar.

Bom, se o filtro exige SSE para funcionar, ele não irá funcionar, mas vc irá saber pq irá dar um erro. Se ele é apenas otimizado pra SSE, deve funcionar mas não vai ser tão rápido quanto poderia.