Seu problema pode ser várias coisas:
1 - Pode ser que nas cenas de pouca ação o bitrate fique muito baixo causando a perda de qualidade e possível dificuldade para seu player, daí as distorçoes. Nesse caso vc pode aumentar um pouco o bitate minimo e ir testando..
2 - Não sei se vc está convertendo o filme todo, mas pelo menos comigo acontece que quando faço apenas uma parte em ksvcd pra teste fica cheio de falhas assim como vc falou, mas seu eu converter o filme todo com o mesmo CQ, etc... Fica sem as falhas.
3 - Pode ser que vc esteja usando muito tempo de vídeo em pouco espaço de CD. Talvez seja amis adequado usar KVCD em uma resolução menor para aumentar seu CQ.
O ideal é vc fornecer mais detalhes sobre sua conversão para que o pesoal possa lhe ajudar melhor.
Agora também percebi que quando surgem dfeitos os mesmos só aparecem depois da multiplexação. Essa também é uma curiosidade minha. alguém sabe explicar porque isso acontece?