Oi Vitor,
O BeSweet dá problema quando é necessário fazer downmix de 48000 para 44100 e ao mesmo tempo mudar o framerate de 25 para 23.976. Felizmente o DSPGuru disponibilizou o modulo Soundtouch para mudar frequencia ao inves do ssrc, e aparentemente ele não tem este problema. Eu devo adicionar isto na próxima versão do DIKO.
Mas enquanto isso, pq v não faz seu KSVCD em 48000? A maioria dos players suporta e qualidade do audio fica melhor para o mesmo bitrate. Para isso, é só vc desmarcar a caixa "Usar 44.1 khz em KSVCD" Na aba audio da configuração. Fazendo desta forma vc evita este problema do BeSweet.