Hola silver,
Yo te puedo contar mi propia experiencia, ya que llevo algún tiempo jugando con la versión 2.5.2 de avisynth.
Al pasar a las 2.5, las conversiones me tardaban un 30% menos que con los mismos filtros en la 2.0. Eso sí, la 2.5 tiene más filtros recientes, ya que los nuevos desarrollos se hacen casí solo para esta nueva versión.
En cuanto al moviestacker, puedes hacer lo que comentas, y te funcionará en el 80% de los casos... El otro 20%, pues que han cmabiado los parametros, y tendras que hacerlo a mano!
Salu2