Hola kabba!!!!
mira, a mi eso me a pasado mogollon deveces, y la verdad que despues de darle mogollon de vueltas, codecs, etc... no di con ello.
Pero invente un par de soluciones para no tener hora y pico de "negro"
La primera es en la casilla options, marcas en "source range" el principio y el final de tu peicula, asi estate seguro que no te anñadira nada.
La segunda es hacer lo mismo, pero con el avi en virtual dub, le marcas el principio y el final, le das a save avi-direct stream copy y listo, lo metes al tmpge y te olvidas.