Vc pode usar o VirtualDub para aumentar ou diminuir o "delay" do som. Mas pensando bem o problema pode ser este mesmo, eu não levo em consideração o delay de inicio do audio no DIKO que as vezes existe no AVI
Faz uma coisa: abre o filme no virtualdub e vai em audio/Interleaving e verifique se tem alguma coisa em "Delay Audio Track by" que seja diferente de zero. Nunca passou isso pela minha cabeça, que interessante!
Se não me engano vc pode adicionar um delay na hora de multiplexar usando o bbmpeg, irei verificar isso mais tarde.