Acho q vc está fazendo uma confusão danada. QFactor é um fator de qualidade. No DIKO vc apenas configura qual o máximo aceitável, ou seja, a pior qualidade que vc está disposto a tolerar. Quanto melhor a qualidade maior o tamanho e vice-versa.
Então digamos que vc configure como 40 o QFactor máximo no DIKO (default). Aí, se vc colocar para usar 1 CD, e digamos que o DIKO achou o valor 37 como o QFactor que irá dar o tamanho aproximado de 1 CD. Se vc mudar para 2 CDs e rodar tudo de novo, como tem mais espaço, será possível usar um QFactor mais baixo (resultando em melhor qualidade), por exemplo 20. O encode para 2 CDs, usando QFactor 20, terá uma qualidade melhor, claro. Mas o ponto principal é o seguinte:
1) Até 40, a qualidade geralmente fica boa. Claro que quanto mais próximo de 1 fica melhor, mas se é possível colocar em 1 CD com QFactor 38 (por exemplo), não vale a pena vc gastar mais 1 CD para ter uma qualidade um pouco melhor.
2) Se o QFactor necessário for mais de 40, aí vale a pena usar 2 CDs, pq muito provavelmente o encode com o fator de qualidade necessário para caber em 1 CD não resultará em um filme com boa qualidade.
Lembrando que isso considerando que a sua fonte está boa, pq por melhor que seja o DIKO e os programas que ele automatiza, qualquer recompressão degrada a imagem e não há como evitar isso. Obviamente a idéia é que a perda seja mínima e quase imperceptível.