Vou dar uma sugestão não uma solução porque não sou acostumado a usar o diko. Talvez alguem mais aqui foneça algo melhor...
Vc pode fazer a percentagem dos tempos dos episódios e fazer assim:
1- começe calculando 4 episódios juntos (exemplo: A, B C e D) e diga mos que os 4 juntos correspondem a 70% do tempo total (tempo dos 6 episódios juntos).
2 - Então vc preencheria a aba de tamanho do cd só com 70% do tamanho do CD. 70% de 795MB seria=556MB.
3 -converta os 4 episódios normalmente com o diko.
4 - Agora vc converrte apenas os outros dois juntos (E e F) e preenche a aba de tamanho do CD com apenas a % restante, que no exemplo acima seria 30%, o que daria=238MB.
5- Crie um SVCD com o nero ou VCDEasy e adicione os arquivos de video gerados nos dois processos do diko.
6 - Assista