Tava trancado lá então criei esse aqui... Se alguém puder mover pra lá a resposta eu agradeço...

Tou engatinhando no assunto de conversão em KDVD também e desde ontem eu também tava com o problema do DVD-Lab Pro e a sincronização da legenda. Procurei na Internet, aqui no fórum e nada. Aí resolvi fazer um teste e deu certo. Na hora de converter os arquivos no D.I.K.O. eu não estava selecionando a legenda e estava usando a mesma direto no DVD-Lab. O problema era exatamente esse. Quando você coloca a leganda no D.I.K.O. junto com o filme ela faz a conversão de frames e gera uma nova legenda .srt com marcação de tempo diferente da .srt original que eu usava. Perdi alguns dias de conversão e quase desisto de trabalhar com legendas selecionáveis. Mas depois de tanto sofrimento consegui resolver o meu problema. Pelo que eu li o seu aparenta ser esse mesmo problema. Tenta isso aí.