O problema é que todo o utilitário de encodagem usa a estrutura IBBPBBPBBP...
Vamos supor que quando ele parou ele ia numa 2ª frame B.
Quer dizer que quando recomeça ele irá começar numa frame I.
Eis o resultado.
IBBPBBPB
BIBBPBBP
Isso arruina a estrutura que nós usamos.
Pelo menos foi o que aconteceu comigo em várias ocasiões.
Daí que eu parei de usar o método que vc usa.
Pode até ser que consigo o problema seja diferente...
Mas comigo quando para, eu recomeço do inicio.
Comigo não costuma para a não ser quando falta a electricidade

Se não estou enganado tem até outra questão.
Se bem me lembro o sistema de leitura de frames do VDub é diferente do sistema do Avisynth.
Aí vc pode estar lendo no VDub frame 99.999 e na realidade ser a frame 100.000 no Avisynth.
Mas dessa parte eu já não tenho bem a certeza pq deixei de usar esse método.