Opa amigo, (desculpa ae eu me meter...
Vc vai ter que dividir a sua legenda sim. Uso um programa muito bom que é o Subtitle Workshop. Ele pode dividir a sua legenda tranquilamente (e não esqueça de pedir para recalcular os tempos, quando vc for dividir o arquivo - tem essa opção).
Aqui eu tive que fazer o contrário. Como baixei um filme com duas versões: uma com 2 cds e outra com 3 cds (que está bem melhor) vou ter que reconverter as legendas para um arquivo apenas e apartir disso, dividir em três, para usar na nova versão do filme... Tudo usando o Subtitle Workshop
Bom essa é a minha humilde opinião. De repente os feras tem opções melhores opções :P