Se vc ripar as legendas de dentro do VOB (usando o VobSub por exemplo) então vc vai usar o próprio VobSub pra adicionar e tb configurar as legendas. Se vc baixar da internet as legendas em modo texto, vai usar o filtro TextSub para adicionar e tb configurar as legendas.
Não importa qual o tamanho ou qual o resize que vc usar, pois na janela de configuração desses filtros vc pode mover e dimensionar as legendas da maneira que vc achar melhor, até que elas fiquem exatamente do tamanho e no lugar que vc queira.
Nunca usei o VDub pra colocar legendas, eu uso somente o AviSynth (pra tudo

), então não sei exatamente como esse filtro funciona no VDub, mas sei que os dois filtros (VobSub e TextSub) existem nos dois programas.