O Mencoder só trabalha com um passo. Escolhendo 2 passadas, cria o mpv, que vai aumentando se tamanho normalmente, ate 99%. Quando chega ao final (100%) o arquivo fica zerado (0 bytes).
No preview tudo funciona certo, seja usando o Makeavis ou nao.
Usei o 0.21 e a versao 0.23. Em ambas ocorreu o mesmo...

Bom, duas passadas é isso: ele encoda duas vezes mas cria um arquivo de estatisticas na 1a passada que é utilizado para fazer alocação otiumizada de bitrate na segunda.