O Mencoder e QuEnc usam a mesma engine (libavcodec), só que no mencoder é possível usar parametros otimizados que o pessoal passou meses melhorando, enquanto no QuEnc estes parametros o Nic deixou travado.
Por outro lado, o QuEnc aceita scripts diretamente, enquanto o mencoder não tem uma forma automatizada de fazer isso. É possível usar o mencoder sem scripts (ele tem filtros internos muito bons), mas aí surgem outros problemas, como a aplicação de legendas fixas que não funciona corretamente, não existir uma maneira fácil de mudar o framerate, não poder juntar 2 arquivos, etc.
O milan iniciou uma implementação do mencoder que suporta Avisynth, mas infelizmente, esta implementação sempre dá erro no final, e o milan não deixou o codigo fonte e sumiu faz mais de 2 meses.
A libavcodec, usada pelos 2 encoders, tem problemas no rate control, que causa picos de bitrate além do máximo especificado dependendo da situação e tamanhos finais não previsíveis as vezes.
Em resumo, o mencoder (e o QuEnc tb) é um encoder experimental. Para resultados garantidos, como uma ferramenta de automação como o DIKO deve apresentar, deve-se usar um encoder já estável como o CCE ou Tmpgenc. Eu só inclui suporte ao QuEnc (que no futuro talvez troque pelo mencoder se o milan liberar uma versão que não de crash no final) pq os mesmos são gratuitos.
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