Oi sozinhoslz,
A única maneira de você colocar legendas fixas em um filme é compactando o fonte já com as legendas inclusas. No seu caso, você vai ter que re-compactar o seu arquivo, oq não é recomendado, pois isso irá causar uma perda de qualidade. Para um KVCD de qualidade, use sempre seu fonte original em DVD.
Para adicionar as legendas você pode usar um script AviSynth ou o VirtualDub.
Pessoalmente prefiro sempre usar o AviSynth. O filtro necessário para adicionar as legendas se chama VobSub (ou VSFilter). Use o comando “VobSub” para legendas com imagens indexadas ou “TextSub” para legendas em modo texto.
Se você precisar de ajuda a respeito de como usar esses filtros, dê uma procurada (search) no fórum. Deve haver “zilões” de threads falando sobre esse assunto.