Bom, vou te explicar como funcionaria em teoria pq não tenho o CCE 2.50 aqui no momento:
Vc vai precisar do CCE Patcher. Não posso postar o link dele pq ele tb serve para crackear o CCE. Execute-o, localize o executável do CCE como ele pede, e depois clique no botão "M". Vc verá algumas matrizes, inclusive antigas do KVCD, mas não a notch. Digite a notch, clique em Matrix -> INI pra salvar. Depois clique no botão "Patch the Matrix in CinemaCraftEncoder" para que ele modifique a matriz no CCE. Vc só precisa fazer isso uma vez e o CCE 2.5 irá sempre codificar com a matriz notch.
Abra o CCE, copie as configurações do meu template para o CCE 2.50. e codifique normalmente. O CCE irá usar a matriz que vc introduziu através do patch, mas irá colocar indicado a matrix standard no arquivo. Para consertar isso, vc precisa do ReStream. O ReStream vem com 2 arquivos de exemplo de matriz (FOX), um para a matriz intra e outro para a non-intra. Use o modelo para criar os arquivos correspondentes para KVCD.
Abra o Restream, em MPEG2 Source, selecione o seu MPV. E abra as duas partes da matriz utilizando os dois campos mais embaixo (intra e non-intra) com os arquivos que vc fez previamente seguindo o modelo. Coloque o nome do arquivo de destino em destination e clique em Write para criar o arquivo modificado com a matrix certa. Este procedimento deste parágrafo precisa ser feito sempre.
E aí é só usar o arquivo.
Um detalhe: eu nunca testei isso, nem sei se funciona. Mas se funcionar, este é o caminho.